의료비 세액공제, 총급여 3% 넘은 돈부터 — 계산법과 빠지는 의료비

📌 2026년 11월 4일 기준

연말정산이 다가오면 올해 낸 병원비와 약값부터 떠올리게 돼요. 그런데 의료비는 쓴 돈 전부가 공제되지 않습니다.

총급여의 3%를 넘게 쓴 금액부터, 그 넘은 돈의 15%가 세금에서 빠져요. 총급여 4,000만 원이면 문턱은 120만 원입니다. 본인 의료비로 200만 원을 썼다면 넘은 80만 원의 15%인 12만 원이 공제되고, 100만 원만 썼다면 공제는 0원이에요.

그래서 연말정산 전에 볼 것은 두 가지입니다. 내 총급여의 3%가 얼마인지, 그리고 올해 의료비 중 실제로 공제 대상이 되는 돈이 얼마인지예요. 아래에서 총급여별 문턱, 한도 없이 공제되는 가족, 공제 안 되는 의료비, 간소화 자료에 안 잡혀 직접 챙길 영수증까지 차례로 풀었습니다.

3% 문턱은 얼마인가 — 총급여별로 보면

문턱은 총급여 × 3%입니다. 여기서 총급여는 1년 근로소득에서 비과세소득을 뺀 금액이에요. 연봉 계약서의 숫자와 다를 수 있으니, 비과세로 받은 돈은 빼고 계산합니다.

이 금액까지 쓴 의료비는 공제가 없습니다. 올해 병원비가 문턱 근처라면, 남은 두 달 동안 미뤄 둔 치료를 받을지 가늠하는 기준이 되기도 해요.

넘은 돈에 15%, 그런데 가족에 따라 한도가 달라요

공제율은 기본 15%입니다. 미숙아·선천성이상아 의료비는 20%, 난임시술비는 30%예요. 난임시술비에는 난임시술과 관련해 처방받은 의약품 구입비도 들어갑니다.

한도는 누구를 위해 쓴 돈인지에 따라 다릅니다.

나이 기준일이 서로 다릅니다. 6세 이하는 그해 1월 1일, 65세 이상은 그해 12월 31일 나이로 봐요. 올해 안에 65세가 되는 부모님이라면 한도 없는 쪽에 들어갑니다.

부양가족 의료비는 나이와 소득 제한 없이 공제됩니다. 기본공제대상자이기만 하면 돼요. 소득이 많아 기본공제를 못 받는 배우자의 의료비도 근로자 본인이 공제받을 수 있습니다.

품목별 한도도 따로 있어요. 시력보정용 안경·콘택트렌즈는 1명당 연 50만 원, 산후조리원 비용은 출산 1회당 200만 원까지만 들어갑니다.

3%는 어느 의료비에서 먼저 빠지나

문턱은 한도가 있는 일반 의료비에서 먼저 뺍니다. 배우자나 64세 이하 부모를 위해 쓴 돈이 여기에 들어가요.

일반 의료비가 3%에 못 미치면, 모자란 만큼을 본인·65세 이상·6세 이하·장애인 의료비에서 뺍니다. 그래도 모자라면 미숙아·선천성이상아 의료비, 마지막으로 난임시술비에서 빼요. 공제율이 낮고 한도가 있는 쪽부터 깎이고, 30%짜리 난임시술비는 가장 늦게 깎이는 구조입니다.

예를 들어 총급여 5,000만 원(문턱 150만 원)인 사람이 배우자 의료비 100만 원, 본인 의료비 300만 원을 썼다고 해 볼게요. 배우자 100만 원으로는 문턱 150만 원을 다 못 채우니, 모자란 50만 원을 본인 쪽에서 뺍니다. 남은 본인 의료비 250만 원의 15%, 37만 5천 원이 공제돼요.

내 경우로 계산해 보면

아래는 법에 정해진 3%·15%·30%·700만 원과 빼는 순서를 그대로 대입한 가상 예시예요. 지방소득세는 넣지 않은 소득세 기준입니다.

같은 900만 원을 써도 50대 배우자 의료비는 700만 원 한도에 걸리고, 70세 아버지 의료비는 한도 없이 다 들어갑니다. 차이는 7만 5천 원이에요.

다만 계산한 공제액을 전부 돌려받는다는 보장은 없습니다. 자녀·보험료·의료비·교육비 같은 세액공제를 합친 금액이 내야 할 세금(산출세액)보다 크면, 넘는 부분은 사라져요. 원래 내는 세금이 적은 사람은 공제액이 커도 실제로 줄어드는 세금이 그보다 작을 수 있습니다.

의료비·보험료·교육비 같은 공제를 하나도 신청하지 않으면 표준세액공제 13만 원이 붙습니다. 의료비 공제가 몇만 원에 그친다면 다른 공제와 합쳐 어느 쪽이 나은지 미리 견줘 보세요.

내 숫자로 직접 넣어 보고 싶다면 홈택스 → 모의계산 → 연말정산 자동계산을 쓰면 됩니다. 총급여(비과세 제외)와 공제 항목을 넣으면 결과를 미리 볼 수 있어요. 올해 연말정산 미리보기 서비스가 열리는 날은 홈택스 공지에서 확인하세요.

쓴 돈인데 공제 안 되는 의료비

병원이나 약국에 냈어도 아래 돈은 공제에서 빠집니다.

• 미용·성형수술비
• 건강증진용 의약품, 건강기능식품 구입비
• 실손의료보험금으로 돌려받은 금액
• 국민건강보험공단 본인부담상한제 사후환급금
• 회사 사내근로복지기금에서 받은 의료비
• 국민건강보험공단 출산 전 진료비지원금으로 낸 의료비
• 외국 병원에 낸 돈
• 간병인 비용
• 진단서 발급비

반대로 공제되는 줄 모르고 넘기기 쉬운 것도 있어요. 건강진단비, 라식·근시 교정시술비, 임신 중 초음파·양수검사비, 분만비, 스케일링비, 인공수정 관련 검사료·시술비, 의안, 질병으로 유방을 절제한 뒤 받은 재건 비용은 공제 대상입니다.

건강검진 결과에 따라 받은 복부 지방흡입처럼 치료인지 미용인지 애매한 경우는 목적을 따져 하나씩 판단합니다. 해당된다면 국세청 126 상담에서 미리 물어보세요.

실손보험금은 그 의료비를 쓴 해에서 뺍니다

실손보험으로 돌려받은 돈은 의료비에서 빼야 합니다. 보험사뿐 아니라 수협·신협·새마을금고 공제, 군인·교직원·경찰·소방 공제회, 우정사업본부에서 받은 보험금도 같아요.

빼는 해는 보험금을 받은 해가 아니라 그 보험금의 원인이 된 의료비를 쓴 해입니다. 받은 금액은 연말정산 간소화 자료에 나와요. 안 보이거나 금액이 다르면 보험사에 물어보고 직접 뺍니다.

총급여 4,000만 원에 본인 의료비 300만 원, 같은 해 실손보험금 150만 원을 받았다면 300만 원에서 150만 원과 문턱 120만 원을 빼고 남은 30만 원의 15%, 4만 5천 원이 공제돼요.

보험금을 연말정산이 끝난 뒤에 받았다면 수정신고를 해야 합니다. 위 예에서 연말정산 때 27만 원을 공제받았다면, 보험금을 반영하면 4만 5천 원이 맞으니 22만 5천 원을 고쳐야 해요. 보험금을 받은 해의 종합소득세 확정신고기한까지 수정신고하면 가산세가 줄어듭니다.

본인부담상한제 환급금도 빼야 해요

국민건강보험공단이 본인부담상한제로 돌려준 돈도 공제 대상이 아닙니다. 진료받은 해를 기준으로 판단해요.

공단은 이 환급금을 의료비를 쓴 다음 해 8월 말 이후에 정해 지급합니다. 연말정산 때는 아직 정해지지 않은 돈이라, 이 환급금만큼 더 공제받은 경우는 국세청이 가산세를 물리지 않는 ‘정당한 사유’로 안내하고 있어요. 환급 통지를 받았다면 진료받은 해의 공제를 고치면 됩니다.

사진: Aspere · CC0

간소화에 안 보일 수 있는 의료비 — 영수증을 직접 챙기세요

대부분의 병원비·약값은 연말정산 간소화 자료에 나오지만, 몇 가지는 직접 챙겨야 합니다.

안경·콘택트렌즈. 안경점은 국세청에 자료를 낼 의무가 없어요. 카드나 현금영수증으로 결제했다면 간소화 의료비 내역에 「안경구입정보」로 뜨는데, 여기서 「안경·콘택트렌즈 구매자」를 직접 골라 등록해야 의료비에 들어갑니다. 안 보이면 안경점에서 사용자 이름과 시력교정용이라는 것을 안경사가 확인한 영수증을 받아 회사에 내세요.

보청기·장애인보장구. 보청기도 제출 의무에서 빠져 있어 간소화에 안 나올 수 있습니다. 사용자 이름을 판매자가 확인한 영수증을 챙겨 두세요.

난임시술비. 간소화 의료비 자료에는 난임시술비가 따로 표시되지 않아요. 30% 공제를 받으려면 병원에서 증빙서류를 받아 직접 내야 합니다. 미숙아·선천성이상아 의료비도 의료비지급명세서에 해당 여부를 표시하는 칸이 있으니 회사에 낼 때 함께 표시하세요.

처방받은 의료기기. 의사·치과의사·한의사의 처방전과 의료기기 이름이 적힌 영수증이 함께 있어야 합니다.

산후조리원. 이용자 이름과 금액을 산후조리원이 확인한 영수증을 받아 두세요.

카드 전표나 현금영수증만으로는 의료비 증명서류가 되지 않습니다. 병원·약국이라면 진료비(약제비) 영수증이나 납입확인서, 또는 국민건강보험공단이 발행하는 의료비 부담 명세서를 받으면 돼요. 이 영수증과 의료비지급명세서를 소득·세액공제신고서에 붙여 회사에 냅니다.

다니는 병원이 자료를 안 내서 간소화에 안 보이면 홈택스 「조회되지 않는 의료비 신고센터」에 신고할 수 있어요. 경로는 홈택스 → 장려금·연말정산·기부금 → 연말정산간소화 → 영수증 발급처 자료제출 → 조회되지 않는 의료비 신고센터이고, 모바일로도 됩니다. 국세청이 병원에 다시 내라고 요청해 추가 자료가 올라오고, 그래도 안 나오면 병원에서 영수증을 직접 받아 내면 됩니다. 신고센터를 여는 기간은 간소화 서비스가 열릴 때 국세청 공지로 나옵니다.

19세가 넘은 자녀나 부모님 의료비를 조회하려면 그 가족이 먼저 자료제공 동의를 해 줘야 합니다. 19세 미만 자녀는 동의 없이 근로자가 신청해 조회할 수 있어요.

가족 의료비, 누가 내야 공제되나

의료비는 기본공제대상자를 위해 근로자가 직접 낸 돈만 공제됩니다. 여기서 실수가 자주 나와요.

• 맞벌이 부부의 자녀 의료비는 그 자녀를 기본공제로 올린 사람이 낸 것만 공제됩니다.
• 부모 의료비를 형제자매가 나눠 공제할 수 없습니다. 부양하는 1명만 공제해요. 장남이 부모님 기본공제를 받고 차남이 병원비를 냈다면 둘 다 공제받지 못합니다.
• 실제로 부양하지 않는 부모, 따로 사는 형제자매를 위해 낸 의료비는 공제되지 않아요.
• 결제는 근로자 본인 명의의 카드나 현금영수증으로 했는지 보세요.

맞벌이라면 총급여가 낮은 쪽이 문턱도 낮아 의료비를 모으기 유리해 보입니다. 다만 그 사람이 내는 세금이 적으면 남는 공제는 사라지고, 자녀·부모 의료비는 기본공제를 받는 쪽이 낸 것만 들어가요. 두 사람 모두 홈택스 자동계산에 넣어 보고 정하는 편이 안전합니다.

카드로 낸 의료비는 의료비 세액공제와 신용카드 소득공제를 둘 다 받을 수 있습니다. 한쪽을 포기할 필요는 없어요.

올해 중간에 입사하거나 퇴사했다면 실제로 일한 기간에 쓴 의료비만 들어갑니다. 결혼이나 취업으로 올해 부양가족에서 빠진 가족은 그 일이 생긴 날까지 낸 의료비를 공제받을 수 있어요.

연말정산에서 빠뜨렸다면

다음 해 5월 종합소득세 확정신고 때 넣거나, 경정청구로 돌려받을 수 있습니다. 경정청구는 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 하면 되고, 연말정산만 한 직장인도 할 수 있어요. 언제부터 5년을 세는지는 국세청 126에 내 연말정산 연도를 대고 물어보세요.

올해 쓴 의료비에도 같은 규칙이 적용되나

위 비율과 한도는 지금 시행 중인 소득세법 기준입니다. 올해 8월에 나온 2026년 세제개편 정부안에는 직장인 의료비 세액공제를 바꾸는 내용이 없어요. 다만 아직 국회를 통과하기 전이라, 최종 내용은 12월 국회 통과 뒤 재정경제부 발표에서 확인하세요.

사진: Minseong Kim (User:IMKSv) · CC BY-SA 4.0

연말정산 전에 해 둘 일

1. 원천징수영수증이나 급여명세서로 총급여(비과세 제외)를 보고 3% 문턱을 계산합니다.
2. 카드 내역과 병원 영수증으로 1~10월 의료비를 더해 문턱과 견줘 봅니다.
3. 올해 받은 실손보험금을 빼고, 본인·65세 이상 부모처럼 한도 없는 가족 의료비와 700만 원 한도 가족 의료비를 나눠 둡니다.
4. 안경·보청기·난임시술비·산후조리원 영수증을 지금 받아 둡니다.
5. 맞벌이라면 홈택스 연말정산 자동계산으로 누구에게 넣을지 두 번 계산해 봅니다.

참고: 소득세법 제59조의4 · 소득세법 시행령 제118조의5 · 소득세법 시행령 제216조의3 · 국세기본법 제45조의2 · 국세기본법 시행령 제28조 · 국세청 「의료비·보험료 세액공제」 안내 · 국세청 『2025 원천징수의무자를 위한 연말정산 신고안내』 · 재정경제부 『2026년 세제개편안 상세본』

사진 출처: Aspere 「231226 국민건강보험공단 본부 — 원주시 소재 국민건강보험공단 본부.」 CC0 원문 · Minseong Kim (User:IMKSv) 「South Korea National Tax Service(NTS) — Sejong, South Korea」 CC BY-SA 4.0 원문